सुनवाई के दौरान सुप्रीम कोर्ट ने आधार कार्ड को पहचान के रूप में मान्यता न देने को लेकर चुनाव आयोग के फैसले पर भी सवाल उठाए। आयोग की ओर से कहा गया कि “सिर्फ आधार से नागरिकता सिद्ध नहीं होती। कोर्ट ने कहा अगर नागरिकता का प्रमाण आधार है, तो यह गृह मंत्रालय का मामला है। यह प्रक्रिया आयोग के अधिकार क्षेत्र से बाहर जाती है। फिर SIR का औचित्य क्या रह जाता है?”